物語の始まりはライダーの村。

主人公、リリア、シュヴァル。

幼なじみの三人は、タマゴ狩りごっこをするため、森へやってきた。

そこで三人は、美しく輝くモンスターのタマゴを拾う。

「絆石」を介して、モンスターと絆を深め、秘められた能力を目覚めさせるライダーへの憧れから、ライダーの儀式である、《絆あわせ》ごっこを始める主人公。

ごっこ遊びだったにもかかわらず、タマゴからはリオレウスが孵ってしまう。

絆石を持たずして、モンスターを孵すことができた主人公に村人たちは湧くが、

そこへ突如として「黒の凶気」と呼ばれる災厄が降りかかる。

被害は村だけではなく、シュヴァル、リリアの心にも大きな傷を残すことになった…。

災厄からちょうど一年。

村長から絆石を授かり、主人公はライダーとなる。

己の目的を果たすために、シュヴァルは村をあとにし、リリアもまた、ライダーとは別の道を歩むことを決め、旅立っていく。

偶然のめぐり合わせで相棒となったナビルーと共に、試練を乗り越え、ライダーとして成長を重ねた

主人公は、村の外の世界へ旅立つことを決意する。

旅立つ先は、ハンターの世界。

ライダーの営みとは異なる人々の世界。

モンスターを狩り、生を営むハンター。

モンスターを育て、生を営むライダー。

相容れない営みの形に戸惑いながらも、主人公はハンターと共に暮らし、営みを重ねながら、ハンターとライダーをつなぎ合わせていく。

そこに再び黒の凶気の不穏な影がさしかかる。

当たり前と思っていた日々の営みや環境に深刻な変化が生まれつつあることに気づき始める人々。

それは村や町という規模ではなく、世界的なものとなって拡大していく。

自分たちの役割に託されたものが何かを試されることになるライダーとハンター。

鍵となるのは、絆石とその隠された力、そして長きにわたり秘されていたライダーの起源が記されていた《レダンの伝説》の真実。

成長を通じて高まる絆の力。

主人公は伝説にまつわる真実から、絆の本当の意味を知る。

主人公とナビルー、そしてオトモン。

絆をめぐる新たなモンスターハンターストーリーの体験が待っている。