이야기의 시작은 라이더의 마을.

주인공, 릴리아, 슈벨.

소꿉친구인 세 사람은 알 탐색 놀이를 위해 숲을 찾아간다.

그곳에서 세 사람은 아름답게 빛나는 몬스터의 알을 줍는다.

「인연석」을 통해 몬스터와의 유대감을 형성하고 숨겨진 능력을 깨우는 라이더를 동경했던 주인공은 라이더의 의식 《인연 맺기》 놀이를 시작하는데…

놀이로 시작한 의식으로 그만 알에서 리오레우스가 부화하고 만다.

인연석 없이도 몬스터를 부화시킨 주인공을 보고 마을 사람들은 감탄하지만,

그때 갑자기 「검은 기운」이라는 재앙이 찾아온다.

피해는 마을에서 그치지 않고 슈벨과 릴리아의 마음에도 큰 상처를 남긴다…

재앙이 일어나고 나서 1년.

촌장으로부터 인연석을 받아 주인공은 라이더가 된다.

자신만의 목적을 위해 슈벨은 마을을 떠나고, 릴리아도 라이더와는 다른 길을 걷기로 결심하며 여행을 떠난다.

우연한 계기로 파트너가 된 내비루와 함께 시련을 극복하며 라이더로서 성장한 주인공은 마을 바깥세상으로 모험을 떠나기로 결심한다.

행선지는 헌터의 세계.

라이더와는 다른 방식으로 생활하는 사람들의 세계.

몬스터를 사냥하며 살아가는 헌터.

몬스터를 키우며 살아가는 라이더.

양립할 수 없는 삶의 형태에 망설이면서도 주인공은 헌터와 함께 살고 생활하며 헌터와 라이더를 연결해 나갔다…

그때 다시 한번 검은 기운의 불온한 그림자가 드리운다.

당연한 것처럼 여겨지던 일상과 환경에 심각한 변화가 생긴 걸 알게 된 사람들.

그 변화는 마을 규모에서 그치지 않고 세계적인 규모로 확대된다.

자신들에게 주어진 역할이 무엇인지 시험받는 라이더와 헌터.

그 열쇠가 되는 건 인연석과 그 안에 감춰진 힘. 그리고 오랜 세월 비밀리에 전해져 내려온 라이더의 기원이 기록된 《레단의 전설》에 대한 진실.

성장을 통해 강해지는 인연의 힘.

주인공은 전설을 둘러싼 진실을 통해 인연의 진정한 의미를 알게 된다.

주인공과 내비루 그리고 동료몬.

인연을 둘러싼 새로운 몬스터헌터 스토리의 체험이 기다리고 있다.