Es ist die Nacht eines Festivals in Mahana, dem größten Dorf auf der Insel Hakolo. Rathalos auf der ganzen Welt verschwinden.

Du bist das Enkelkind von Red, dessen Monstie Wächter-Ratha war, der verehrte Beschützer der Insel Hakolo. Als du dich aufmachst, um Erfahrungen als Rider zu sammeln, begegnest du Ena, einem Wyverianer-Mädchen, das einst Red kannte. Um das Ei zu schützen, das Wächter-Ratha ihr anvertraut hat, beschließt ihr, die Insel gemeinsam zu verlassen.

Überall geschehen seltsame Dinge. Während du nach der Ursache dieser Umweltanomalien suchst, schlüpft das Ei schließlich. Ein flugunfähiger Rathalos mit kleinen Flügeln platzt aus dem Ei.