C'est le soir du festival à Mahana, le village principal de l'île Hakolo. Les Rathalos du monde entier sont en train de disparaître.

Vous êtes le petit-fils de Red, dont le Monstie était le Ratha Gardien, le protecteur vénéré de l'île Hakolo. Au cours de votre voyage d'initiation en tant que Rider, vous faites la rencontre d'Ena, une jeune wyverienne qui connaissait Red. Afin de protéger l'œuf que le Ratha Gardien lui a confié, vous décidez de quitter ensemble l'île.

Alors que vous partez enquêter sur ces phénomènes surnaturels se produisant partout dans le monde, un Rathalos aux petites ailes et encore incapable de voler jaillit de votre œuf.