È la notte di un festival a Mahana, il villaggio centrale dell'isola di Hakolo. I Rathalos di tutto il mondo stanno svanendo.

Sei il nipote di Red, il cui Monstie era il Ratha guardiano, il venerato protettore dell'isola di Hakolo. Quando decidi di fare esperienza come Rider, incontri Ena, una ragazza wyverniana che un tempo conosceva Red. Per proteggere l'uovo che il Ratha guardiano le ha affidato, decidete di lasciare l'isola insieme.

Una serie di strani eventi iniziano a verificarsi all'improvviso. Mentre cerchi di capire cosa sta causando queste anomalie ambientali, l'uovo finalmente si schiude. Nasce un Rathalos con delle piccole ali, incapace di volare.