É a noite de um festival em Mahana, a aldeia central da Ilha Hakolo. Rathalos estão desaparecendo no mundo inteiro.

Você é o neto de Red, cujo Monstie era o Ratha Guardião, o respeitado protetor da Ilha Hakolo. Ao partir para ganhar experiência como Montador, você encontra Ena, uma garota Serperiana que outrora conheceu Red. Para proteger o ovo que o Ratha Guardião confiou a ela, vocês decidem deixar a ilha juntos.

Há coisas estranhas acontecendo em todos os lugares. Enquanto você tenta descobrir o que está causando essas anormalidades ambientais, o ovo finalmente choca. Um Rathalos incapaz de voar, com pequenas asas, sai do ovo.